湯上 裕盛 「補助金はいつ入るのか」「それまでのお金はどうすればいいのか」。熊本で小規模事業者持続化補助金の申請を考えている事業者の方から、よくいただくご質問です。持続化補助金は後払いです。使う経費をいったん全額自社で払い、実績報告と補助金額の確定を終えてから、補助金が振り込まれます。
この記事では、小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞の第20回公募について、申請から入金までの流れを、お金がいつ出ていき、いつ入ってくるかを軸に整理します。数字と期限は、2026年11月5日に公開された公募要領（第9版）と交付規程（2026年11月5日改定）の原文に合わせています。採択後の細かな手続きを書いた第20回の「補助事業の手引き」は、採択発表のあとに公開される予定です。そのため、手引きにもとづく部分は、これまでの回（第19回受付締切分）の手引きによるものとして書いています。動画でも同じ内容をスライドで説明していますので、あわせてご覧ください。
この記事のポイント
- 補助金は後払いです。補助事業の完了前に受け取る概算払いは認められておらず、補助金額が確定したあとに精算払請求書を出して、はじめて振り込まれます
- 申請から入金までには12の手順があり、補助金を受け取るのは11番目です。それまでに使うお金は、すべて自社で払います
- 発注・契約・支払いは交付決定日から。支払いは銀行振込が大原則で、補助事業の期間中に支払い（カード払いなら口座からの引き落とし）まで終える必要があります
- 賃金引上げ特例（賃金引上げ加点も）を選ぶと、補助事業の終了日は2028年3月31日に固定され、実績報告はそれより前に出せません。入金は2028年4月以降になります
- 同じ理由で、収益納付の対象になる利益の期間も2028年3月31日までになり、受け取る補助金が減ることがあります
申請から入金までの12の手順
公募要領の「補助事業の流れ」の図をもとに、補助事業の実施を1つの手順として足して表にしました（図では採択と見積書等の提出が別の項目です）。公募要領の図では、事業者が行う手順と補助金事務局が行う手順が色分けされています。
| 順番 | やること |
|---|---|
| 1 | GビズIDプライムのアカウントを取る |
| 2 | 事業計画（様式2）をつくる |
| 3 | 地域の商工会・商工会議所に事業支援計画書（様式4）の発行を依頼する |
| 4 | 電子申請システムで申請書類を出す |
| 5 | 採択 → 見積書等（相見積を含む）を出す |
| 6 | 交付決定（交付決定日から発注できる） |
| 7 | 補助事業をする（発注・納品・支払い） |
| 8 | 実績報告書と証拠書類を出す |
| 9 | 補助金事務局が確認し、補助金の額を確定する |
| 10 | 補助金を請求する（精算払請求書） |
| 11 | 補助金が振り込まれる |
| 12 | 補助事業の終了から1年後の状況を報告する（様式第14） |
補助金が入るのは11番目です。1〜10の間に使うお金は、すべて自社で先に払います。公募要領の冒頭の注意事項にも「補助事業遂行の際には自己負担が必要となり、補助金は後払いです」と書かれています。
申請までの1〜4の段取りは「【熊本】持続化補助金 第20回の概要｜対象・補助額・経費・締切12月15日」で詳しく説明しています。GビズIDプライムは、マイナンバーカードを使ったオンライン申請なら、最短で即日発行されます。書類を郵送する申請だと最大1か月かかり、公募要領も「数週間程度を要します」としているので、早めに取っておいてください。様式4は、商工会の地区なら電子申請システムの中から地域の商工会へ発行を依頼します。公募要領では、商工会の窓口へ行き、面談をしたうえで発行を受ける流れになっています。実際には、システムで依頼すると窓口へ行かずにそのまま発行されることが多いです。ただ、計画の中身を代表者に直接確認されることもあるので、自分の言葉で説明できるようにしておいてください。商工会議所の地区は、地域の商工会議所へ発行を依頼して発行を受け、その様式4のPDFを電子申請システムにアップロードします。
第20回のカレンダー
| いつ | なにがあるか |
|---|---|
| 2026年12月4日（金） | 事業支援計画書（様式4）発行の受付締切 |
| 2026年12月15日（火）17時 | 申請受付の締切 |
| 2027年3月頃（予定） | 採択発表 |
| 採択発表から概ね1〜2か月かかる場合がある | 見積書等の確認 → 交付決定 |
| 2028年2月29日（火） | 見積書等の提出期限（過ぎると採択取消し） |
| 交付決定日〜2028年3月31日（金） | 補助事業の期間（発注・納品・支払い） |
| 2028年4月10日（月） | 実績報告書の最終提出期限 |
| 実績報告のあと | 補助金額の確定 → 精算払請求 → 入金 |
交付決定までの期間は、公募要領で「採択発表から概ね1〜2か月かかる場合があります」とされ、あくまで目安で状況により変動するとも書かれています。採択発表が2027年3月頃の予定なので、発注を始められるのは早くても2027年の春以降です。
賃金引上げ特例・加点を使わない場合：早く終われば、早く報告できる
補助事業の期間の途中で事業が終わったとき（補助対象経費の支払いまで終わったとき）は、その日から起算して30日を経過した日か、2028年4月10日のいずれか早い日までに、実績報告書を出します。たとえば2027年の夏に納品と支払いまで終われば、そこから実績報告に進めるので、確定と請求の手続きもそのぶん早く始められます。
賃金引上げ特例・加点を使う場合：終わりの日は2028年3月31日で固定
賃金引上げ特例を選んだ場合、公募要領は、補助事業終了予定日を補助事業実施期限日（2028年3月31日）に設定するよう求めています。参考資料には「補助事業自体を早期に終了した場合でも、賃金引上げ要件の確認期間は2028年3月31日までとなるため、同日より前に実績報告を行うことはできません」と書かれています。設備の納品と支払いが2027年の夏に終わっても、実績報告を出せるのは2028年3月31日以降で、最終提出期限は4月10日です。
賃金引上げ加点（補助上限は上がらず、採択審査で加点される仕組み）を選んだ場合も、補助事業終了予定日は2028年3月31日に設定します。申請時によくあるご質問でも、賃金引上げ特例・加点を選んでいる場合、実際に補助事業を終了する時期にかかわらず、補助事業終了日は一律に2028年3月31日になると答えています。
補助金は後払い：概算払いはありません
第20回の交付規程は、補助金は交付すべき補助金の額を確定した後に支払うものとし、支払いを受けるときは様式第9の「補助金精算払請求書」を出すと定めています（第20条）。これまでの回の補助事業の手引き（第19回受付締切分）には、次のように書かれています。
補助事業の完了前に補助金を受け取る、概算払いについては認めておりません。
実績報告書等に不備が無ければ、補助金事務局から補助金額の確定通知書を通知いたしますので、それを受領後、精算払請求書（交付規程・様式第９）を補助金事務局にご提出いただき、補助金の支払いとなります。
たとえば賃金引上げ特例（補助上限200万円）で、税抜き300万円の設備に200万円の補助（補助率3分の2）を受ける課税事業者なら、まず消費税を含めた330万円（税率10％の場合）を自社で払います。200万円の補助金が入るのは、実績報告・補助金額の確定・請求を終えたあとです。課税事業者は消費税分を補助の対象から除いて申請するので、消費税の30万円は補助の対象になりません。
先に払うお金を借りて用意するとき
手元のお金が足りないときは、金融機関から借りたお金で、補助事業の期間内に一括で払う方法があります。交付決定を受けたからといって必ず借りられるわけではないので、資金の段取りは申請の前から考えておいてください。金融機関には、交付決定通知書の写しをもとに、何をいくらで買い、補助金がいくら入る予定かを示すと話が進めやすくなります。
返済の計画は、補助金が入る時期と額がずれる場合も考えて立てます。賃金引上げ特例なら入金は2028年4月以降で、あとで説明する収益納付や、実績報告の内容によっては、交付決定の額より少なくなることもあります。ローンや分割払いで買う場合の扱いは「持続化補助金で買う設備はローンで買える？自己資金が足りないときは【熊本】」にまとめています。
発注と支払いのルール
補助の対象になるかは、「いつ」「どうやって」払ったかで決まります。第20回の公募要領に書かれているルールは次のとおりです。
| ルール | 中身 |
|---|---|
| 交付決定日から | 発注・契約・支出行為は、交付決定通知書に記載された交付決定日から。採択通知書だけでは補助事業を始められません |
| 期間中に支払いまで | 交付決定日以降に発生し、補助事業期間中に支払が完了した経費だけが対象です |
| 銀行振込が大原則 | 小切手・手形・相殺による支払いは不可です |
| 1取引10万円（税抜き）超の現金は不可 | 旅費や現金決済のみの取引（代金引換限定のサービス等）を除き、1取引10万円超（税抜き）の現金支払いは認められません |
| クレジットカード | 申請する事業者の名義で、補助事業期間内に口座からの引き落としまで完了していること（分割払い・リボルビング払いも同じ） |
| 個人のカードでの立替え | 代表者や従業員が個人のカードで払った場合、「立替払い」として帳簿等で確認できないと対象外です |
これまでの回の手引きでは、1取引を分割で支払う場合でも、取引全体で税抜き10万円を超えるときは現金払いは対象外とされています。また、見積書・請求書・領収書などの宛名は、交付決定を受けた補助事業者の名前でそろえることとされています。
当法人では、補助事業の支払いはすべて銀行振込にして、通帳に記録が残る形で払うことをおすすめしています。カードのポイントのためにカード払いを選ぶと、引き落としの日が期限を過ぎたり、名義の確認が要ったりと、気にすることが増えます。支払いの証拠が残らない払い方をした経費は、補助の対象になりません。
なお、これまでの回の手引きには、2者以上から見積を取る基準が「税込100万円を超える取引」と書かれていますが、第20回の公募要領では「発注総額(1件あたり)が50万円超（税込）」です。中古品は金額に関わらず2者以上の見積が必要です。第20回は公募要領の基準で考えてください。
実績報告：期限に遅れると交付決定が取り消される
補助事業が終わったら、実績報告書（交付規程の様式第8）と、支出の内容が分かる証拠書類（見積書・発注書・納品書・請求書・振込の記録など）を出します。賃金引上げ特例を使う場合は、特例の実施報告書と賃金台帳なども一緒に出します。
| 場合 | 実績報告の期限 |
|---|---|
| 期間の途中で事業が終わった（支払いまで終わった） | 終わった日から起算して30日を経過した日か、2028年4月10日の早いほう |
| 2028年3月31日に終わった | 2028年4月10日（月） |
| 賃金引上げ特例・賃金引上げ加点を使う | 2028年3月31日以降に出す。最終提出期限は4月10日 |
公募要領は、定められた期日までに実績報告書等の提出が補助金事務局で確認できなかった場合、交付決定を取り消すとしています。賃金引上げ特例は、2028年3月31日より前には出せず、4月10日が最終提出期限で、報告できる期間がとても短いので、書類は事業をしながらそろえておくことをおすすめします。
実績報告書等に不備があれば、補助金事務局の指示に従って直し、速やかに出し直します。また、実績報告のときに要件を満たしていると認められない場合は、交付決定通知書に記載した額より少なくなることがあり、交付決定が取り消されることもあります。
取り返せないミスと、直せる不備
当法人では、実績報告で取り返しがつかないミスは、次の3つだと考えています。
- 交付決定日より前に発注・契約・支払いをしてしまった
- 補助事業の期間内に支払いが終わっていない、または実績報告の期限に遅れた
- 賃金引上げ特例などの要件を満たしていない（特例は、要件を1つでも満たさないと補助金の全体が交付されません）
一方で、納品書が抜けていた、記入が漏れていたといった書類の不備は、公募要領のとおり事務局の指示に従って直して出し直します。当法人の経験では、こうした不備は出し直しで直せることがほとんどです。交付決定のときと違う内容で事業をするときは、事前に事務局の承認を受ける必要があります。第20回の交付規程（第12条）でも、内容や経費の配分を変えるときは、原則としてあらかじめ変更承認申請書を出して承認を受けることになっています（各配分額の20パーセント以内の流用増減などの例外があります）。これまでの回の手引きでは、承認されるまで変更する事業を始められないとされています。
確定から入金まで
実績報告のあとは、次の順に進みます。
- 補助金事務局が、実績報告書と証拠書類を確認する（確定検査。必要に応じて現地調査も）
- 補助金の額が確定し、確定通知が届く
- 精算払請求書（交付規程の様式第9）を出す
- 補助金が振り込まれる
交付規程は、事務局が報告書等の書類の審査と必要に応じた現地調査をして、交付すべき補助金の額を確定し、事業者に通知すると定めています（第19条）。確定のあとに精算払請求書を出して、はじめて支払いになります（第20条）。これまでの回の手引きには、精算払請求書を出さない場合は交付決定を取り消すこともある、と書かれています。確定通知が届いたら、請求を忘れずに出してください。
これまでの回の手引きでは、精算払請求書の入力について次のように案内されています。
- 振込先の口座は、交付決定を受けた補助事業者（会社または個人事業主）の名義に限ります
- 金融機関名・支店名・口座番号・口座名義（カタカナと正式名称）などが確認できる資料を付けます。通帳なら表紙と、開いた中面の見開きの両方が必要です
- 口座名義のカタカナと正式名称は、スペースも含めて、付けた資料のとおりに入力します
公募要領・交付規程・手引きには、実績報告から入金までの日数は書かれていません。当法人では、これまでの回の経験から、実績報告から入金までは4か月ほどを見ておくようお伝えしています。確定検査で修正の依頼があれば、そのぶん遅くなります。
受け取った補助金は、会計上は補助金の額の確定を受けた事業年度の収益になり、法人税・所得税の課税対象です（消費税の課税対象にはなりません）。公募要領には、補助金を交付の目的に合った固定資産の取得や改良に充てた場合は、法人税法第42条（国庫補助金等で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入）または所得税法第42条（国庫補助金等の総収入金額不算入）の規定を適用できる、とも書かれています。
賃金引上げ特例で申請した場合の全体の流れ
賃金引上げ特例で申請すると、申請から、補助事業が終わって1年後の事業効果の報告まで、2年半ほどかかる長い事業になります。
| いつ | なにがあるか |
|---|---|
| 2026年12月4日・12月15日 | 様式4の発行受付締切・申請受付の締切 |
| 2027年3月頃（予定） | 採択発表 → 見積書等の提出 → 交付決定（概ね1〜2か月かかる場合がある） |
| 交付決定日〜2028年3月31日 | 補助事業（発注・納品・支払い）。賃上げを比べる後の12か月は2027年4月〜2028年3月 |
| 2028年3月31日以降〜4月10日 | 実績報告 |
| 実績報告のあと | 補助金額の確定 → 精算払請求 → 入金（当法人の目安では2028年7月ごろ） |
| 2028年4月〜2029年3月 | 事業効果を見る1年間 |
| 2029年4月中 | 事業効果および賃金引上げ等状況報告書（様式第14）を出す（報告期間が終わった翌日から30日以内。交付規程第29条） |
様式第14は、補助事業が終わった月の翌月から1年間の状況を報告するものです（交付規程第29条）。これまでの回の手引きには、その1年を経過しなければ様式第14を出せないと書かれています。賃金引上げ特例なら補助事業の終了日は2028年3月31日なので、出せるのは2029年4月以降で、出す期限はその1年が終わった翌日から30日以内です（同条）。さらに公募要領は、第20回で採択されて補助事業を実施した事業者が次に持続化補助金に申請できるのは、様式第14の提出を完了したあと、さらに1年が経過してからとしています。
第20回の賃金引上げ特例で気をつけたいこと
第20回の賃金引上げ特例は、要件そのものも変わりました。第19回は、補助事業の終了時点の事業場内最低賃金が申請時より50円以上高いかで見ていました（第19回の手引き）。第20回は、2027年4月から2028年3月までの12か月と、その前年同月の12か月を比べ、従業員1人あたり給与支給総額を3.0％以上増やすことが要件です。比べる12か月のうち、全部の月の給与を受けていない期間があると、その人はその期間の計算から外れるので、人の入れ替わりが多い会社ほど注意が要ります。要件の中身は「【熊本】持続化補助金 第20回の賃金引上げ特例は何が変わった？3%と報告時期」と「持続化補助金の賃上げ特例で従業員が辞めたら？第18・19回と第20回【熊本】」で詳しく説明しています。
もう1つは、入金が遅くなることと、収益納付です。第19回は終了時点の賃金で見ていたので、賃金引上げ特例でも、早く事業を終えればそこから実績報告に進めました。第20回の賃金引上げ特例では、設備を早く入れて使い始めても、報告できるのは2028年3月31日以降です。当法人では、そのあいだに設備で出た利益が収益納付の計算に入り、受け取る補助金が減る事業者が出てくると考えています。
収益納付で、受け取る補助金が減ることがある
収益納付は、補助事業で直接生じた利益があるときに、その利益に応じた額を納めてもらう決まりです（交付規程第27条）。持続化補助金では、納める代わりに、補助金を交付するときに交付すべき金額から相当分を減らして交付します（参考資料）。参考資料は、賃金引上げ特例・加点を選んだ場合、収益を数える期間は、事業者が設定する補助事業終了日にかかわらず一律で2028年3月31日までとしています。
対象になるのは、補助金で買った設備で作った商品の販売やサービスの提供による利益、補助金で作ったネットショップでの販売による利益、補助金で開発した商品の販売による利益などです。チラシの作成・配布、ホームページの作成・改良（ネットショップ構築を除く）、広告の掲載、店舗改装などは、収益との因果関係が必ずしも明確でないため、ここでいう直接生じた収益には当たらないとされています。
減る額は、交付規程の「収益納付に係る報告書」（別紙4）の式で計算します。
| 記号 | 中身 |
|---|---|
| A 補助金額 | 補助金の額 |
| B 補助対象経費 | 補助対象経費の合計 |
| D 収益額 | 補助事業期間の、その事業の売上額から、その売上を得るのにかかった額（補助対象経費以外の製造原価・販売管理費など）を引いた額 |
| E 控除額 | 補助対象経費のうち自己負担で払った額（B－A） |
| F 納付額 | （D－E）×（A÷B）。円未満は切り上げ |
利益から先に自己負担額を引き、その残りに補助率を掛けた額が減ります。補助対象経費300万円・補助金200万円（補助率3分の2）なら、自己負担額は100万円です。
| 補助事業で直接生じた利益（D） | 減る額（F） | 受け取る補助金 |
|---|---|---|
| 100万円以下 | 0円 | 200万円 |
| 200万円 | 約67万円 | 約133万円 |
| 300万円 | 約133万円 | 約67万円 |
| 400万円以上 | 200万円 | 0円 |
収益納付は、補助金交付額が限度です。この例では、利益が400万円以上になると、受け取る補助金は0円になります。動画の中（14分48秒〜15分4秒ごろ）では、利益が自己負担額を超えた分だけ補助金が減るように説明していますが、正しくは上の式のとおり、超えた分に補助率を掛けた額が減ります。収益納付の計算の細かな決まりは「【熊本】持続化補助金 第20回の賃金引上げ特例は何が変わった？3%と報告時期」でも説明しています。
つなぎ融資を補助金の入金で返す計画にしている場合は、入金が2028年4月以降になることと、収益納付で入金額が減る場合があることを、借入れの相談の段階で織り込んでおいてください。利益が出ること自体は、事業としては望ましいことです。当法人では、収益納付が起きうることを申請の前にご説明し、上限が上がることだけでなく、資金繰りと収益納付まで含めて、賃金引上げ特例を選ぶかどうかを一緒に考えています。
入金のあとも続くこと
補助金が入って終わり、ではありません。
- 事業効果の報告：補助事業の終了から1年後の状況を、様式第14で報告します。出したあと、さらに1年がたつまで、次の持続化補助金に申請できません
- 書類の保存：帳簿と証拠書類は、補助事業の終了日の属する年度の終了後5年間保存します（2028年3月31日に終わった場合は2033年3月31日まで）。この間に会計検査院などの実地検査が行われることもあります
- 処分制限財産：単価50万円（税抜き）以上の機械装置等、外注で作った自社のウェブサイト、店舗改装で効用が増えた不動産などは、補助金を受け取ったあとも一定の期間、目的外の使用・譲渡・担保提供・廃棄などが制限されます。処分するときは、事前に補助金事務局の承認が必要で、補助金の全部または一部に相当する額を納めることがあります
- 賃上げの未達：賃金引上げ特例や賃金引上げ加点で採択されて、申請した賃上げ要件を達成できなかった場合は、様式第14で未達が報告されてから18か月の間、中小企業庁が所管する補助金に申請するときに、正当な理由が認められない限り大幅に減点されます
様式第14を出し忘れていた場合の対応は「熊本で持続化補助金の「1年後の報告」（様式第14）を出し忘れていたら？」、事業の途中や終わったあとの検査は「補助金の現地調査（実地検査）では何を見られる？支払い・設備・使い方【熊本】」にまとめています。
よくある質問
補助金は、いつ振り込まれますか？
実績報告のあと、補助金額の確定通知を受けて精算払請求書を出してからです。公募要領などに日数の定めはなく、当法人では実績報告から4か月ほどを目安にお伝えしています。賃金引上げ特例を使う場合は、実績報告が2028年3月31日以降（4月10日まで）になるので、入金は、当法人の目安では2028年の夏ごろです。
交付決定の額より少なくなることはありますか？
あります。実績報告のときに要件を満たしていると認められない場合や、対象外の経費が見つかった場合は、交付決定通知書の額より少なくなります（交付決定の取消しもあります）。補助事業で直接生じた利益があれば、収益納付の分も差し引かれます。賃金引上げ特例などの特例は、要件を1つでも満たさないと、上乗せ部分だけでなく補助金の全体が交付されません。
出典・参考
- 小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞第20回公募 公募要領（第9版・2026年11月5日）
- 小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞第20回公募 参考資料
- 小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞申請時によくあるご質問（第20回）
- 小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞交付規程（商工会議所地区・2026年11月5日改定）
- 小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞補助事業の手引き（第19回受付締切分・第3版・2026年7月29日）
- 小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞補助事業の手引き（第18回受付締切分・第2版・2026年3月17日）
- GビズID よくあるご質問
まとめ
持続化補助金は後払いで、概算払いはありません。使うお金はいったん全額を自社で払い、実績報告、補助金額の確定、精算払請求を経て、はじめて補助金が入ります。発注は交付決定日から、支払いは銀行振込で、補助事業の期間内に終えます。
第20回の補助事業は2028年3月31日まで、実績報告の最終提出期限は4月10日です。賃金引上げ特例を選ぶと、早く事業を終えても実績報告は2028年3月31日以降になり、入金も2028年4月以降です。そのあいだの利益は収益納付の計算に入ります。申請の締切は2026年12月15日（火）17時、様式4の発行受付締切は12月4日（金）です。制度の内容は変わることがありますので、申請の前に補助金事務局のホームページで最新の公募要領を確かめてください。
ご相談はこちら
ノーサイド行政書士法人は、熊本の補助金申請を支援している行政書士法人です（経済産業省の認定経営革新等支援機関）。第20回の持続化補助金で「補助金はいつ入るのか」「先に払うお金が足りない」「賃金引上げ特例を選ぶべきか」といったご相談を、実績報告と入金まで見通してお受けしています。
制度の概要と当法人のサポートは「小規模事業者持続化補助金」のページに、料金は「サービス・料金」のページにまとめています。